In einem Komplex von Bewegungen, die die Union von Reformierten und Lutheranern und den theologischen Rationalismus ablehnten, entstanden im Zusammenhang von Erweckungs- und Bekenntnisbewegung in deutschen Territorien des 19. Jahrhunderts selbstständige evangelisch-lutherische Kirchen. Im Königreich Preußen eröffnete 1883 die Evangelisch-Lutherische (Altlutherische) Kirche in Breslau ein Theologisches Seminar; 1922 eröffnete die Evangelisch-Lutherische Freikirche in Sachsen und anderen Staaten ihre Theologische Hochschule in Kleinmachnow bei Berlin. Der Zweite Weltkrieg mit seinen Konsequenzen beendete jedoch die Aktivitäten dieser beiden Einrichtungen.

Nach dem Krieg beschlossen die beiden Kirchen, eine gemeinsame Ausbildungsstätte ins Leben zu rufen. Im Nachkriegsdeutschland wurde die Gründung der gemeinsamen Hochschule durch Mittel ermöglicht, die von der Lutheran Church-Missouri Synod (LC-MS) zur Verfügung gestellt wurden. Man begann mit einem Proseminar im Dorf Groß Oesingen (Lüneburger Heide) und zog dann 1948 nach Oberursel. Bis 1972, als verschiedene selbstständige evangelisch-lutherische Kirchen in Deutschland sich zur heutigen SELK vereinigt haben, haben die „Altlutheraner" und die „Freikirche" die Hochschule getragen. Seitdem ist die SELK die alleinige Trägerin unserer Hochschule (LThH). Diese bekam ihre staatliche Anerkennung bereits 1955 durch das Kultusministerium des Landes Hessen.

In ihrer Anfangsphase war die LThH nur mit vier theologischen Lehrstühlen ausgestattet. Diese wurden paritätisch unter Vertreter der „Altlutheraner" und der „Freikirche" aufgeteilt, wobei das Fach Neues Testament gemeinsam versehen wurde. Später übernahm einer der Professoren den Lehrstuhl für biblische Theologie, der die Fächer Altes und Neues Testament umfasste. Zum Wintersemester 1984/85 kam dann der fünfte Lehrstuhl dazu, so dass nunmehr Altes und Neues Testament mit je einer Professur vertreten sind.

Neben den Professoren unterrichten an der LThH seit ihrer Entstehung Sprachlehrer (Hebräisch, Griechisch und Latein) und Lehrbeauftragte für Philosophie und theologische Spezialgebiete. Im Jahr 1982 ist eine Assistentenstelle eingerichtet worden. Zurzeit beschäftigt die LThH noch einen Bibliothekar, zwei Sekretärinnen und einen Hausmeister. Seit 2006 wird auch probeweise eine FSJ-Stelle angeboten.

Während die Hochschule in Groß Oesingen in provisorischen Gebäuden untergebracht war, zog sie in Oberursel gleich in einen parkartigen Campus ein. Zu den damals vorhandenen drei Steinbaracken, von denen zwei noch heute genutzt werden, gesellten sich nach und nach nicht nur Wohnhäuser für die Professoren und Studentenwohnheime, sondern auch Hörsaalgebäude und Mensa. Trotz umfangreicher Bautätigkeiten hat sich der parkartige Charakter des Geländes erhalten.